Von den vier reformierten Kirchen in Chur – Martinskirche, Regulakirche, Kirche Masans und Comanderkirche – ist einzig letztere als protestantisches Gotteshaus erbaut worden. Die anderen drei wurden im Zuge der Reformation übernommen. Die bauliche Entwicklung der Stadt Chur um die Mitte des 20. Jahrhunderts verlangte nach Gotteshäusern ausserhalb der Altstadt (vgl. Erlöserkirche, Heiligkreuzkirche). Der Neubau im Rheinquartier wurde nach dem Churer Reformator Johannes Comander (1483—1557) benannt und 400 Jahre nach dessen Tod, 1956/57, nach Plänen des Architekten Cyrill von Planta errichtet.
Das innen und aussen schlicht gehaltene Gebäudeensemble ist ein architektonisch typisches Beispiel seiner Zeit. Es besteht aus dem Kirchenschiff mit angegliedertem separatem Raum und einem etwas abseits stehenden markanten Turm, der durch einen gedeckten Vorplatz mit dem Schiff verbunden ist. Im Inneren ist der Raum geprägt durch die konzentrisch angeordneten Bankreihen, die grosse Taube des Bildhauers Paul Bianchi an der vorderen Wand sowie durch die blau getönten Fenster.